In zo’n drie maanden tijd wordt op de plaats waar de twee zinkelementen van 200 meter komen te liggen de waterweg uitgebaggerd; vanaf de huidige bodem 16 meter onder NAP naar een diepte van zo’n 28 meter.  
 
De werkzaamheden vinden met uiterste precisie plaats. Net als vrijwel bij de gehele Blankenburgverbinding is ook bij het baggeren de uitdaging groot. Zo volgt de baggergeul de hellingen van de tunnel die in het midden verder onder water ligt dan aan de kant. Daarnaast moet het scheepvaartverkeer op een van de drukste Nederlandse vaarwegen gewoon doorgang vinden.  

Tegelputten 
Bij het laten afzinken van de tunneldelen worden deze tijdelijk op vijzels geplaatst. Deze vijzels maken het mogelijk de hoogteligging van de tunneldelen tot op de centimeter nauwkeurig te bepalen. De ruimte tussen de bodem van de baggersleuf en de onderkant van de tunneldelen wordt daarna opgevuld met zand. De vijzels rusten op zes betonnen tegels - per tunneldeel - van zo’n 36m³ (6 x 6 meter, 1 meter dik). Om de tegels nauwkeurig te kunnen plaatsen wordt er eerst een extra diepe put gegraven in de baggersleuf, die we vervolgens vullen met grind. 
 
Transport van materiaal 
Bij het baggeren treffen we verschillend materiaal aan. Langs de oever ligt eerst een laag oeverbescherming (steenachtig materiaal). Dit wordt tijdelijk opgeslagen en komt later weer terug op de oorspronkelijke plaats. In het grootste deel van het Scheur bestaat de bovenste laag uit zand gemengd met slib. Dit materiaal voeren we per schip af naar de Noordzee. Daaronder ligt een laag met zand dat goed geschikt is voor de bouw. Dit zand wordt in de zandwinput vlak naast het project opgeslagen en daarna met kleinere schepen vervoerd naar andere bouwlocaties.  
 
Inzet schepen 
Het uitvoeren van de baggerwerkzaamheden vindt plaats met de inzet van verschillend materieel. Een kraanschip haalt materiaal weg langs de oevers. Het opgehaalde materiaal wordt met dit binnenvaartschip afgevoerd, of overgeslagen in splijtbakken voor afvoer. 

Voor de grote hoeveelheden in de vaarweg maken we gebruik van een sleephopperzuiger, die via een pomp het baggermengsel opzuigt tot in het laadruim van het schip. Vervolgens vaart het volgeladen schip naar de locatie om het materiaal te lossen. Voor het graven van de tegelputten en het plaatsen van de tegels wordt of een “jack-up platform” of een ponton met een kraan erop gebruikt. Een jack-up stelt zichzelf door middel van een aantal palen op de bodem van het Scheur en hijst zich net boven het water uit, een ponton wordt met lieren op de juiste positie boven het water gehouden. Zo kunnen we nauwkeurig de tegelputten graven en grind aanbrengen. 
 
Afzinken tunnelelementen 
Als de baggerwerkzaamheden zijn afgerond, is er weer een belangrijke stap gezet om de tunnelelementen in het voorjaar van 2023 op hun eindbestemming neer te leggen. Onlangs is in het dok van scheepswerf Damen Verolme de laatste hand gelegd aan de twee verschillende tunneldelen. Begin mei hebben de tunneldelen het droogdok verlaten. Tot het moment van afzinken liggen de beide delen aan de kade bij Damen Verolme te wachten tot ze hun bestemming vinden op de bodem van het Scheur.